Abschnitt 1 | |
Allgemeines | |
§ 1 | Anwendungsbereich |
§ 2 | DIN-Normen, Einheiten im Messwesen, Symbole und Zeichen |
Abschnitt 2 | |
Patentanmeldungen; Patentverfahren | |
§ 3 | Form der Einreichung |
§ 4 | Anmeldung zur Erteilung eines Patents |
§ 5 | Anmeldungsunterlagen |
§ 6 | Formerfordernisse der Anmeldung |
§ 7 | Benennung des Erfinders |
§ 8 | Nichtnennung des Erfinders; Änderungen der Erfindernennung |
§ 9 | Patentansprüche |
§ 10 | Beschreibung |
§ 11 | Beschreibung von Nukleotid- und Aminosäuresequenzen |
§ 12 | Zeichnungen |
§ 13 | Zusammenfassung |
§ 14 | Fremdsprachige Dokumente |
Abschnitt 3 | |
Sonstige Formerfordernisse | |
§ 15 | Nachgereichte Anmeldungsunterlagen; Änderung von Anmeldungsunterlagen |
§ 16 | Modelle und Proben |
§ 17 | Öffentliche Beglaubigung von Unterschriften |
§ 18 | (weggefallen) |
Abschnitt 4 | |
Ergänzende Schutzzertifikate | |
§ 19 | Form der Einreichung |
§ 20 | Ergänzende Schutzzertifikate für Arzneimittel |
§ 21 | Ergänzende Schutzzertifikate für Pflanzenschutzmittel |
Abschnitt 5 | |
Übergangs- und Schlussbestimmungen | |
§ 22 | Übergangsregelung |
§ 23 | Inkrafttreten; Außerkrafttreten |
Anlagen | |
Anlage 1 (zu § 11 Abs. 1 Satz 2) | Standards für die Einreichung von Sequenzprotokollen |
Anlage 2 (zu § 12) | Standards für die Einreichung von Zeichnungen |
Oberer Rand: | 2 Zentimeter |
Linker Seitenrand: | 2,5 Zentimeter |
Rechter Seitenrand: | 2 Zentimeter |
Unterer Rand: | 2 Zentimeter. |
<110> | Name des Anmelders |
<120> | Bezeichnung der Erfindung |
<160> | Anzahl der SEQ ID NOs |
<210> | SEQ ID NO:x |
<211> | Länge |
<212> | Art |
<213> | Organismus |
<400> | Sequenz |
<130> | Bezugsnummer |
<140> | Vorliegende Patentanmeldung |
<141> | Anmeldetag der vorliegenden Anmeldung |
<150> | Frühere Patentanmeldung |
<151> | Anmeldetag der früheren Anmeldung |
<220> | Merkmal |
<221> | Name/Schlüssel |
<222> | Lage |
<223> | Sonstige Informationen |
<220> | Merkmal |
<223> | Sonstige Angaben |
Physikalisches Medium | Typ | Formatierung |
CD-R | 120 mm Recordable Disk | ISO 9660 |
DVD-R | 120 mm DVD-Recordable Disk (4,7 GB) | konform zu ISO 9660 oder OSTA UDF (1.02 oder höher) |
DVD+R | 120 mm DVD-Recordable Disk (4,7 GB) | konform zu ISO 9660 oder OSTA UDF (1.02 oder höher) |
Zulässige numerische Kennzahlen | |||
Numerische Kennzahl | Numerische Kennzahl Beschreibung | Obligatorisch (O) oder fakultativ (F) | Bemerkungen |
<110> | Name des Anmelders | O | Ist der Name des Anmelders nicht in lateinischen Buchstaben geschrieben, so muss er |
- | im Wege der Transliteration oder der Übersetzung ins Englische | ||
- | auch in lateinischen Buchstaben angegeben werden | ||
<120> | Bezeichnung der Erfindung | O | |
<130> | Bezugsnummer | O in den Fällen nach Nr. 25 Standard | Siehe Nr. 25 Standard |
<140> | Vorliegende Patentanmeldung | O in den Fällen nach Nr. 26 Standard | Siehe Nr. 26 Standard; die vorliegende Patentanmeldung ist zu kennzeichnen durch den zweibuchstabigen Code nach dem WIPO-Standard ST.3, gefolgt von der Anmeldenummer (in dem Format, das von der Behörde für gewerblichen Rechtsschutz verwendet wird, bei der diese Patentanmeldung eingereicht wird) oder - bei internationalen Anmeldungen - von der internationalen Anmeldenummer |
<141> | Anmeldetag der vorliegenden Anmeldung | O in den Fällen nach Nr. 26 Standard | Siehe Nr. 26 Standard; das Datum ist entsprechend dem WIPO-Standard ST.2 anzugeben (CCYY MM DD) |
<150> | Frühere Patentanmeldung | O in den Fällen nach Nr. 27 Standard | Siehe Nr. 27 Standard; die frühere Patentanmeldung ist zu kennzeichnen durch den zweibuchstabigen Code entsprechend dem WIPO-Standard ST.3, gefolgt von der Anmeldenummer (in dem Format, das von der Behörde für gewerblichen Rechtsschutz verwendet wird, bei der die frühere Patentanmeldung eingereicht wurde) oder - bei internationalen Anmeldungen - von der internationalen Anmeldenummer |
<151> | Anmeldetag der früheren Anmeldung | O in den Fällen nach Nr. 27 Standard | Siehe Nr. 27 Standard; das Datum ist entsprechend dem WIPO-Standard ST.2 anzugeben (CCYY MM DD) |
<160> | Anzahl der SEQ ID NOs | O | |
<170> | Software | F | |
<210> | Angaben zu SEQ ID NO:x | O | Anzugeben ist eine ganze Zahl, die die SEQ ID NO darstellt |
<211> | Länge | O | Sequenzlänge, ausgedrückt als Anzahl der Basen oder Aminosäuren |
<212> | Art | O | Art des in SEQ ID NO:x sequenzierten Moleküls, und zwar entweder DNA, RNA oder PRT; enthält eine Nucleotidsequenz sowohl DNA- als auch RNA-Fragmente, so ist "DNA" anzugeben; zusätzlich ist das kombinierte DNA-/RNA-Molekül im Merkmalsteil unter <220> bis <223> näher zu beschreiben |
<213> | Organismus | O | Gattung/Art (d. h. wissenschaftlicher Name), "künstliche Sequenz" oder "unbekannt" |
<220> | Merkmal | O in den Fällen nach Nr. 28 und 29 Standard | Freilassen; siehe Nr. 28 und 29 Standard; Beschreibung biologisch signifikanter Stellen in der Sequenz gemäß SEQ ID NO:x (kann je nach der Zahl der angegebenen Merkmale mehrmals vorkommen) |
<221> | Name/ Schlüssel | O in den Fällen nach Nr. 28 Standard | Siehe Nr. 28 Standard; es dürfen nur die in Nr. 48, Tabelle 5 oder 6 beschriebenen Schlüssel verwendet werden |
<222> | Lage | O in den Fällen nach Nr. 28 Standard | Siehe Nr. 28 Standard; |
- | von (Nummer der ersten Base/Aminosäure des Merkmals) | ||
- | bis (Nummer der letzten Base/Aminosäure des Merkmals) | ||
- | Basen (Ziffern verweisen auf die Positionen der Basen in einer Nucleotidsequenz) | ||
- | Aminosäuren (Ziffern verweisen auf die Positionen der Aminosäurereste in einer Aminosäuresequenz) | ||
- | Angabe, ob sich das Merkmal auf dem zum Strang des Sequenzprotokolls komplementären Strang befindet | ||
<223> | Sonstige Angaben | O in den Fällen nach Nr. 28 und 29 Standard | Siehe Nr. 28 und 29 Standard; sonstige relevante Angaben, wobei sprachneutrales Vokabular oder freier Text (in deutscher oder in englischer Sprache) zu verwenden ist; freier Text ist im Hauptteil der Beschreibung in der dort verwendeten Sprache zu wiederholen (siehe Nr. 35 Standard); enthält die Sequenz eine der in Nr. 48, Tabellen 2 und 4 aufgeführten modifizierten Basen oder modifizierten/seltenen L-Aminosäuren, so ist für diese Base oder Aminosäure das dazugehörige Symbol aus Nr. 48, Tabellen 2 und 4 zu verwenden |
<300> | Veröffentlichungsangaben | F | Freilassen; dieser Abschnitt ist für jede relevante Veröffentlichung zu wiederholen |
<301> | Verfasser | F | |
<302> | Titel | F | Titel der Veröffentlichung |
<303> | Zeitschrift | F | Name der Zeitschrift, in der die Daten veröffentlicht wurden |
<304> | Band | F | Band der Zeitschrift, in dem die Daten veröffentlich wurden |
<305> | Heft | F | Nummer des Hefts der Zeitschrift, in dem die Daten veröffentlicht wurden |
<306> | Seiten | F | Seiten der Zeitschrift, auf denen die Daten veröffentlicht wurden |
<307> | Datum | F | Datum der Zeitschrift, an dem die Daten veröffentlicht wurden; Angabe nach Möglichkeit entsprechend dem WIPO-Standard ST.2 (CCYY MM DD) |
<308> | Eingangsnummer in der Datenbank | F | Von der Datenbank zugeteilte Eingangsnummer einschließlich Datenbankbezeichnung |
<309> | Datenbank-Eingabedatum | F | Datum der Eingabe in die Datenbank; Angabe entsprechend dem WIPO-Standard ST.2 (CCYY MM DD) |
<310> | Dokumentennummer | F | Nummer des Dokuments, nur bei Patentdokumenten; die vollständige Nummer hat nacheinander Folgendes zu enthalten: den zweibuchstabigen Code entsprechend dem WIPO-Standard ST.3, die Veröffentlichungsnummer entsprechend dem WIPO-Standard ST.6 und den Code für die Dokumentenart nach dem WIPO-Standard ST.16 |
<311> | Anmeldetag | F | Anmeldetag des Dokuments, nur bei Patentdokumenten; Angabe entsprechend WIPO-Standard ST.2 (CCYY MM DD) |
<312> | Veröffentlichungsdatum | F | Datum der Veröffentlichung des Dokuments; nur bei Patentdokumenten; Angabe entsprechend WIPO-Standard ST.2 (CCYY MM DD) |
<313> | Relevante Reste in SEQ ID NO: x von bis | F | |
<400> | Sequenz | O | SEQ ID NO:x sollte in der der Sequenz vorausgehenden Zeile hinter der numerischen Kennzahl stehen (siehe Beispiel) |
Tabelle 1 | ||
Liste der Nucleotide | ||
Symbol | Bedeutung | Ableitung der Bezeichnung |
a | a | Adenin |
g | g | Guanin |
c | c | Cytosin |
t | t | Thymin |
u | u | Uracil |
r | g oder a | Purin |
y | t/u oder c | Pyrimidin |
m | a oder c | Amino |
k | g oder t/u | Keto |
s | g oder c | starke Bindungen, 3 H-Brücken |
w | a oder t/u | schwache (e: weak) Bindungen, 2 H-Brücken |
b | g oder c oder t/u | nicht a |
d | a oder g oder t/u | nicht c |
h | a oder c oder t/u | nicht g |
v | a oder g oder c | nicht t, nicht u |
n | a oder g oder c oder t/u, unbekannt oder sonstige | beliebig (e: any) |
Tabelle 2 | |
Liste der modifizierten Nucleotide | |
Symbol | Bedeutung |
ac4c | 4-Acetylcytidin |
chm5u | 5-(Carboxyhydroxymethyl)uridin |
cm | 2'-O-Methylcytidin |
cmnm5s2u | 5-Carboxymethylaminomethyl-2-thiouridin |
cmnm5u | 5-Carboxymethylaminomethyluridin |
d | Dihydrouridin |
fm | 2'-O-Methylpseudouridin |
gal q | beta,D-Galactosylqueuosin |
gm | 2'-O-Methylguanosin |
i | Inosin |
i6a | N6-Isopentenyladenosin |
m1a | 1-Methyladenosin |
m1f | 1-Methylpseudouridin |
m1g | 1-Methylguanosin |
m1i | 1-Methylinosin |
m22g | 2,2-Dimethylguanosin |
m2a | 2-Methyladenosin |
m2g | 2-Methylguanosin |
m3c | 3-Methylcytidin |
m5c | 5-Methylcytidin |
m6a | N6-Methyladenosin |
m7g | 7-Methylguanosin |
mam5u | 5-Methylaminomethyluridin |
mam5s2u | 5-Methoxyaminomethyl-2-thiouridin |
man q | beta,D-Mannosylqueuosin |
mcm5s2u | 5-Methoxycarbonylmethyl-2-thiouridin |
mcm5u | 5-Methoxycarbonylmethyluridin |
mo5u | 5-Methoxyuridin |
ms2i6a | 2-Methylthio-N6-isopentenyladenosin |
ms2t6a | N-((9-beta-D-Ribofuranosyl-2-methylthiopurin-6-yl) carbamoyl)threonin |
mt6a | N-((9-beta-D-Ribofuranosylpurin-6-yl)N-methylcarbamoyl) threonin |
mv | Uridin-5-oxyessigsäuremethylester |
o5u | Uridin-5-oxyessigsäure(v) |
osyw | Wybutoxosin |
p | Pseudouridin |
q | Queuosin |
s2c | 2-Thiocytidin |
s2t | 5-Methyl-2-thiouridin |
s2u | 2-Thiouridin |
s4u | 4-Thiouridin |
t | 5-Methyluridin |
t6a | N-((9-beta-D-Ribofuranosylpurin-6-yl)carbamoyl)threonin |
tm | 2'-O-Methyl-5-methyluridin |
um | 2'-O-Methyluridin |
yw | Wybutosin |
x | 3-(3-Amino-3-carboxypropyl)uridin,(acp3)u |
Tabelle 3 | |
Liste der Aminosäuren | |
Symbol | Bedeutung |
Ala | Alanin |
Cys | Cystein |
Asp | Asparaginsäure |
Glu | Glutaminsäure |
Phe | Phenylalanin |
Gly | Glycin |
His | Histidin |
Ile | Isoleucin |
Lys | Lysin |
Leu | Leucin |
Met | Methionin |
Asn | Asparagin |
Pro | Prolin |
Gln | Glutamin |
Arg | Arginin |
Ser | Serin |
Thr | Threonin |
Val | Valin |
Trp | Tryptophan |
Tyr | Tyrosin |
Asx | Asp oder Asn |
Glx | Glu oder Gln |
Xaa | Unbekannt oder sonstige |
Tabelle 4 | |
Liste der modifizierten und seltenen Aminosäuren | |
Symbol | Bedeutung |
Aad | 2-Aminoadipinsäure |
bAad | 3-Aminoadipinsäure |
bAla | beta-Alanin, beta-Aminopropionsäure |
Abu | 2-Aminobuttersäure |
4Abu | 4-Aminobuttersäure, Piperidinsäure |
Acp | 6-Aminocapronsäure |
Ahe | 2-Aminoheptansäure |
Aib | 2-Aminoisobuttersäure |
bAib | 3-Aminoisobuttersäure |
Apm | 2-Aminopimelinsäure |
Dbu | 2,4-Diaminobuttersäure |
Des | Desmosin |
Dpm | 2,2'-Diaminopimelinsäure |
Dpr | 2,3-Diaminopropionsäure |
EtGly | N-Ethylglycin |
EtAsn | N-Ethylasparagin |
Hyl | Hydroxylysin |
aHyl | allo-Hydroxylysin |
3Hyp | 3-Hydroxyprolin |
4Hyp | 4-Hydroxyprolin |
Ide | Isodesmosin |
alle | allo-Isoleucin |
MeGly | N-Methylglycin, Sarkosin |
Melle | N-Methylisoleucin |
MeLys | 6-N-Methyllysin |
MeVal | N-Methylvalin |
Nva | Norvalin |
Nle | Norleucin |
Orn | Ornithin |
Tabelle 5 | ||
Liste der Merkmalschlüssel zu Nucleotidsequenzen | ||
Schlüssel | Beschreibung | |
allele | ein verwandtes Individuum oder ein verwandter Stamm enthält stabile alternative Formen desselben Gens und unterscheidet sich an dieser (und vielleicht an anderer) Stelle von der vorliegenden Sequenz | |
attenuator | 1. | Region einer DNA, in der die Beendigung der Transkription reguliert wird und die Expression einiger bakterieller Operons gesteuert wird |
2. | zwischen dem Promotor und dem ersten Strukturgen liegender Sequenzabschnitt, der eine partielle Beendigung der Transkription bewirkt | |
C-region | konstante Region der leichten und schweren Immunglobulinketten und der Alpha-, Beta- und Gamma-Ketten von T-Zell-Rezeptoren; enthält je nach Kette ein oder mehrere Exons | |
CAAT-signal | Caat-Box; Teil einer konservierten Sequenz, der etwa 75 Basenpaare stromaufwärts vom Startpunkt der eukaryontischen Transkriptionseinheiten liegt und an der RNA-Polymerase-Bindung beteiligt sein kann; Konsensussequenz = GG (C oder T) CAATCT | |
CDS | codierende Sequenz; Sequenz von Nucleotiden, die mit der Sequenz der Aminosäuren in einem Protein übereinstimmt (beinhaltet Stopcodon); Merkmal schließt eine mögliche Translation der Aminosäure ein | |
conflict | unabhängige Bestimmungen "derselben" Sequenz unterscheiden sich an dieser Stelle oder in dieser Region voneinander | |
D-loop | D-Schleife; Region innerhalb der mitochondrialen DNA, in der sich ein kürzeres RNA-Stück mit einem Strang der doppelsträngigen DNA paart und dabei den ursprünglichen Schwesterstrang in dieser Region verdrängt; dient auch zur Beschreibung der Verdrängung einer Region des einen Stranges eines DNA-Doppelstrangs durch eine einzelsträngige Nucleinsäure bei der durch ein recA-Protein ausgelösten Reaktion | |
D-segment | Diversity-Region der schweren Kette von Immunglobulin und der Beta-Kette eines T-Zell-Rezeptors | |
enhancer | eine als Cis-Element wirkende Sequenz, die die Aktivität (einiger) eukaryontischer Promotoren verstärkt und in beliebiger Richtung und Position zum Promotor (stromaufwärts oder -abwärts) funktioniert | |
exon | Region des Genoms, die für einen Teil der gespleißten mRNA codiert; kann 5'UTR, alle CDSs und 3'UTR enthalten | |
GC-signal | GC-Box; eine konservierte, GC-reiche Region stromaufwärts vom Startpunkt der eukaryontischen Transkriptionseinheiten, die in mehreren Kopien und in beiden Richtungen vorkommen kann; Konsensussequenz = GGGCGG | |
gene | biologisch signifikante Region, codierende Nucleinsäure | |
iDNA | intervenierende DNA; DNA, die durch verschiedene Arten der Rekombination eliminiert wird | |
intron | DNA-Abschnitt, der transkribiert, aber beim Zusammenspleißen der ihn umgebenden Sequenzen (Exons) aus dem Transkript wieder herausgeschnitten wird | |
J-segment | J-Kette (Verbindungskette) zwischen den leichten und den schweren Immunglobulinketten und den Alpha-, Beta- und Gamma-Ketten der T-Zell-Rezeptoren | |
LTR | lange, sich an den beiden Enden einer gegebenen Sequenz direkt wiederholende Sequenz, wie sie für Retroviren typisch ist | |
mat-peptide | für ein reifes Peptid oder Protein codierende Sequenz; Sequenz, die für das reife oder endgültige Peptid- oder Proteinprodukt im Anschluss an eine posttranslationale Modifizierung codiert; schließt im Gegensatz zur entsprechenden CDS das Stopcodon nicht ein | |
misc-binding | Stelle in einer Nucleinsäure, die einen anderen Teil, der nicht durch einen anderen Bindungsschlüssel (primer-bind oder protein-bind) beschrieben werden kann, kovalent oder nicht kovalent bindet | |
misc-difference | die Merkmalsequenz unterscheidet sich von der im Eintrag und kann nicht durch einen anderen Unterscheidungsschlüssel (conflict, unsure, old-sequence, mutation, Variation, allele bzw. modified-base) beschrieben werden | |
misc-feature | biologisch signifikante Region, die nicht durch einen anderen Merkmalschlüssel beschrieben werden kann; neues oder seltenes Merkmal | |
misc-recomb | Stelle, an der ein allgemeiner, ortsspezifischer oder replikativer Rekombinationsvorgang stattfindet, bei dem die DNA-Doppelhelix aufgebrochen und wieder zusammengefügt wird, und die nicht durch andere Rekombinationsschlüssel (iDNA oder Virion) oder den betreffenden Herkunftsschlüssel (/insertions-seq,/transposon,/proviral) beschrieben werden kann | |
misc-RNA | Transkript oder RNA-Produkt, das nicht durch andere RNA-Schlüssel (prim-transcript, precursor-RNA, mRNA, 5'clip, 3'clip, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig-peptide, transit-peptide, mat-peptide, intron, polyA-site, rRNA, tRNA, scRNA oder snRNA) beschrieben werden kann | |
misc-signal | Region, die ein Signal enthält das die Genfunktion oder -expression steuert oder ändert, und die nicht durch andere Signalschlüssel (promoter, CAAT-signal, TATA-signal, -35-signal, -10-signal, GC-signal, RBS, polyA-signal, enhancer, attenuator, terminator oder rep-origin) beschrieben werden kann | |
misc-structure | Sekundär-, Tertiär- oder sonstige Struktur oder Konformation, die nicht durch andere Strukturschlüssel (stem-loop oder D-loop) beschrieben werden kann | |
modified-base | das angegebene Nucleotid ist ein modifiziertes Nucleotid und ist durch das angegebene Molekül (ausgedrückt durch die modifizierte Base) zu ersetzen | |
mRNA | messenger-RNA (Boten-RNA); enthält eine 5'-nichttranslatierte Region (5'UTR), codierende Sequenzen (CDS, Exon) und eine 3'-nichttranslatierte Region (3'UTR) | |
mutation | ein verwandter Stamm weist an dieser Stelle eine plötzliche, erbliche Sequenzveränderung auf | |
N-region | zusätzliche Nucleotide, die zwischen neu geordnete Immunglobulinabschnitte eingefügt werden | |
old-sequence | die vorliegende Sequenz stellt eine geänderte Version der früher an dieser Stelle befindlichen Sequenz dar | |
polyA-signal | Erkennungsregion, die zur Endonuclease-Spaltung eines RNA-Transkripts mit anschließender Polyadenylierung nötig ist; Konsensussequenz: AATAAA | |
polyA-site | Stelle auf einem RNA-Transkript, an der durch posttranslationale Polyadenylierung Adeninreste eingefügt werden | |
precursor-RNA | noch nicht gereifte RNA-Spezies; kann eine am 5'-Ende abzuschneidende Region (5'Clip), eine 5'-nichttranslatierte Region (5'UTR), codierende Sequenzen (CDS, Exon), intervenierende Sequenzen (Intron), eine 3'-nichttranslatierte Region (3'UTR) und eine am 3'-Ende abzuschneidende Region (3'Clip) enthalten | |
prim-transcript | primäres (ursprüngliches, nicht prozessiertes) Transkript; enthält eine am 5'-Ende abzuschneidende Region (5'Clip), eine 5'-nichttranslatierte Region (5'UTR), codierende Sequenzen (CDS, Exon), intervenierende Sequenzen (Intron), eine 3'-nichttranslatierte Region (3'UTR) und eine am 3'-Ende abzuschneidende Region (3'Clip) | |
primer-bind | nichtkovalente Primer-Bindungsstelle für die Initiierung der Replikation, Transkription oder reversen Transkription; enthält eine oder mehrere Stellen für synthetische Elemente, z. B. PCR-Primärelemente | |
promoter | Region auf einem DNA-Molekül, die an der Bindung der RNA-Polymerase beteiligt ist, die die Transkription initiiert | |
protein-bind | nichtkovalente Protein-Bindungsstelle auf der Nucleinsäure | |
RBS | ribosomale Bindungsstelle | |
repeat-region | Genomregion mit repetitiven Einheiten | |
repeat-unit | einzelnes Repeat (repetitive Einheit) | |
rep-origin | Replikationsursprung; Startpunkt der Duplikation der Nucleinsäure, durch die zwei identische Kopien entstehen | |
rRNA | reife ribosomale RNA; RNA-Komplex des Ribonucleoprotein-Partikels (Ribosom), der Aminosäuren zu Proteinen zusammenfügt | |
S-region | Switch-Region der schweren Immunglobulinketten; beteiligt am Umbau der DNA von schweren Ketten, der zur Expression einer anderen Immunglobulin-Klasse aus derselben B-Zelle führt | |
satellite | viele tandemartig hintereinander geschaltete (identische oder verwandte) Repeats einer kurzen grundlegenden repetitiven Einheit; viele davon unterscheiden sich in der Basenzusammensetzung oder einer anderen Eigenschaft vom Genomdurchschnitt und können so von der Hauptmasse der genomischen DNA abgetrennt werden | |
scRNA | kleine cytoplasmische RNA; eines von mehreren kleinen cytoplasmischen RNA-Molekülen im Cytoplasma und (manchmal) im Zellkern eines Eukaryonten | |
sig-peptide | für ein Signalpeptid codierende Sequenz; Sequenz, die für eine N-terminale Domäne eines sekretorischen Proteins codiert; diese Domäne spielt bei der Anheftung des nascierenden Polypeptids an die Membran eine Rolle; Leader-Sequenz | |
snRNA | kleine Kern-RNA; eine der vielen kleinen RNA-Formen, die nur im Zellkern vorkommen; einige der snRNAs spielen beim Spleißen oder bei anderen RNA-verarbeitenden Reaktionen eine Rolle | |
source | bezeichnet die biologische Herkunft des genannten Sequenzabschnitts; die Angabe dieses Schlüssel ist obligatorisch; jeder Eintrag muss mindestens einen Herkunftsschlüssel aufweisen, der die gesamte Sequenz umfasst; es dürfen zu jeder Sequenz auch mehrere Herkunftsschlüssel angegeben werden | |
stem-loop | Haarnadelschleife; eine Doppelhelix-Region, die durch Basenpaarung zwischen benachbarten (invertierten) komplementären Sequenzen in einem RNA- oder DNA-Einzelstrang entsteht | |
STS | Sequence Tagged Site; kurze, nur als Einzelkopie vorkommende DNA-Sequenz, die einen Kartierungspunkt auf dem Genom bezeichnet und durch PCR ermittelt werden kann; eine Region auf dem Genom kann durch Bestimmung der Reihenfolge der STSs kartiert werden | |
TATA-signal | TATA-Box; Goldberg-Hogness-Box; ein konserviertes AT-reiches Septamer, das sich rund 25 Basenpaare vor dem Startpunkt jeder eukaryontischen RNA-Polymerase-II-Transkriptionseinheit befindet und bei der Positionierung des Enzyms für eine korrekte Initiation eine Rolle spielen kann; Konsensussequenz = TATA (A oder T) A (A oder T) | |
terminator | DNA-Sequenz, die entweder am Ende des Transkripts oder neben einer Promotor-Region liegt und bewirkt, dass die RNA-Polymerase die Transkription beendet; kann auch die Bindungsstelle eines Repressor-Proteins sein | |
transit-peptide | für Transitpeptid codierende Sequenz; Sequenz, die für eine N-terminale Domäne eines im Zellkern codieren Organellen-Proteins codiert; diese Domäne ist an der posttranslationalen Einschleusung des Proteins in die Organelle beteiligt | |
tRNA | reife transfer-RNA, ein kleines RNA-Molekül (75 - 85 Basen lang), das die Translation einer Nucleinsäure-Sequenz in eine Aminosäure-Sequenz vermittelt | |
unsure | der Autor kennt die Sequenz in dieser Region nicht genau | |
V-region | variable Region der leichten und schweren Immunglobulinketten sowie der Alpha-, Beta- und Gamma-Ketten von T-Zell-Rezeptoren; codiert für das variable Aminoende; kann aus V-, D-, N- und J-Abschnitten bestehen | |
V-segment | variabler Abschnitt der leichten und schweren Immunglobulinketten sowie der Alpha-, Beta- und Gamma-Ketten von T-Zell-Rezeptoren; codiert für den Großteil der variablen Region (V-region) und die letzten Aminosäuren des Leader-Peptids | |
Variation | ein verwandter Stamm enthält stabile Mutationen desselben Gens (z. B. RFLP(tief)s) Polymorphismen usw.), die sich an dieser (und möglicherweise auch an anderer) Stelle von der vorliegenden Sequenz unterscheiden | |
3'clip | 3'-äußerste Region eines Precursor-Transkripts, die bei der Prozessierung abgeschnitten wird | |
3'UTR | Region am 3'-Ende eines reifen Transkripts (nach dem Stopcodon), die nicht in ein Protein translatiert wird | |
5'clip | 5'-äußerste Region eines Precursor-Transkripts, die bei der Prozessierung abgeschnitten wird | |
5'UTR | Region am 5'-Ende eines reifen Transkripts (vor dem Initiationscodon), die nicht in ein Protein translatiert wird | |
-10-signal | Pribnow-Box; konservierte Region rund 10 Basenpaare stromaufwärts vom Startpunkt der bakteriellen Transkriptionseinheiten, die bei der Bindung der RNA-Polymerase eine Rolle spielt; Konsensussequenz = TAtAaT | |
-35-signal | konserviertes Hexamer rund 35 Basenpaare stromaufwärts vom Startpunkt der bakteriellen Transkriptionseinheiten; Konsensussequenz = TTGACa oder TGTTGACA |
Tabelle 6 | |
Liste der Merkmalschlüssel zu Proteinsequenzen | |
Schlüssel | Beschreibung |
CONFLICT | in den einzelnen Unterlagen ist von verschiedenen Sequenzen die Rede |
VARIANT | den Angaben der Autoren zufolge gibt es Sequenzvarianten |
VARSPLIC | Beschreibung von Sequenzvarianten, die durch alternatives Spleißen entstanden sind |
MUTAGEN | experimentell veränderte Stelle |
MOD-RES | posttranslationale Modifikation eines Rests |
ACETYLATION | N-terminale oder sonstige |
AMIDATION | in der Regel am C-Terminus eines reifen aktiven Peptids |
BLOCKED | unbestimmte Gruppe, die das N- oder C-terminale Ende blockiert |
FORMYLATION | des N-terminalen Methionin |
GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID HYDROXYLATION | von Asparagin, Asparaginsäure, Prolin oder Lysin |
Methylation | in der Regel von Lysin oder Arginin |
PHOSPORYLATION | von Serin, Threonin, Tyrosin, Asparaginsäure oder Histidin |
PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID | N-terminales Glutamat, das ein internes cyclisches Lactam gebildet hat |
SULFATATION | in der Regel von Tyrosin |
LIPID | kovalente Bindung eines Lipidanteils |
MYRISTATE | Myristat-Gruppe, die durch eine Amidbindung an den N-terminalen Glycin-Rest der reifen Form eines Proteins oder an einen internen Lysin-Rest gebunden ist |
PALMITATE | Palmitat-Gruppe, die durch eine Thioetherbindung an einen Cystein-Rest oder durch eine Esterbindung an einen Serin- oder Threonin-Rest gebunden ist |
FARNESYL | Farnesyl-Gruppe, die durch eine Thioetherbindung an einen Cystein-Rest gebunden ist |
GERANYL-GERANYL | Geranyl-geranyl-Gruppe, die durch eine Thioetherbindung an einen Cystein-Rest gebunden ist |
GPI-ANCHOR | Glykosyl-phosphatidylinositol-(GPI-)Gruppe, die an die alpha-Carboxylgruppe des C-terminalen Rests der reifen Form eines Proteins gebunden ist |
N-ACYL DIGLYCERIDE | N-terminales Cystein der reifen Form eines prokaryontischen Lipoproteins mit einer amidgebundenen Fettsäure und einer Glyceryl-Gruppe, an die durch Esterbindungen zwei Fettsäuren gebunden sind |
DISULFID | Disulfidbindung; den "VON"- und den "BIS"-Endpunkt bilden die beiden Reste, die durch eine ketteninterne Disulfidbindung verbunden sind; sind der "VON"- und der "BIS"-Endpunkt identisch, ist die Disulfidbindung kettenübergreifend, und die Art der Quervernetzung ist im Beschreibungsfeld anzugeben |
THIOLEST | Thiolesterbindung; den "VON"- und den "BIS"-Endpunkt bilden die beiden Reste, die durch die Thiolesterbindung verbunden sind |
THIOETH | Thioetherbindung; den "VON"- und den "BIS"-Endpunkt bilden die beiden Reste, die durch die Thioetherbindung verbunden sind |
CARBOHYD | Glykosylierungs-Stelle; die Art des Kohlenhydrats (sofern bekannt) ist im Beschreibungsfeld anzugeben |
METAL | Bindungsstelle für ein Metallion; die Art des Metalls ist im Beschreibungsfeld anzugeben |
BINDING | Bindungsstelle für eine beliebige chemische Gruppe (Coenzym, prosthetische Gruppe usw.); die Art der Gruppe ist im Beschreibungsfeld anzugeben |
SIGNAL | Bereich einer Signalsequenz (Präpeptid) |
TRANSIT | Bereich eines Transit-Peptids (mitochondriales, chloroplastidäres oder für Microbodies) |
PROPEP | Bereich eines Propeptids |
CHAIN | Bereich einer Polypeptid-Kette im reifen Protein |
PEPTIDE | Bereich eines freigesetzten aktiven Peptids |
DOMAIN | Bereich einer wichtigen Domäne auf der Sequenz; die Art dieser Domäne ist im Beschreibungsfeld anzugeben |
CA-BIND | Bereich einer Calcium-bindenden Region |
DNA-BIND | Bereich einer DNA-bindenden Region |
NP-BIND | Bereich einer Nucleotidphosphat-bindende Region; die Art des Nucleotidphosphats ist im Beschreibungsfeld anzugeben |
TRANSMEM | Bereich einer Transmembran-Region |
ZN-FING | Bereich einer Zink-Finger-Region |
SIMILAR | Grad der Ähnlichkeit mit einer anderen Proteinsequenz; im Beschreibungsfeld sind genaue Angaben über diese Sequenz zu machen |
REPEAT | Bereich einer internen Sequenzwiederholung |
HELIX | Sekundärstruktur: Helices, z. B. Alpha-Helix, 3(10)-Helix oder Pi-Helix |
STRAND | Sekundärstruktur: Beta-Strang, z. B. durch Wasserstoff-Brückenbindungen stabilisierter Beta-Strang, oder Rest in einer isolierten Beta-Brücke |
TURN | Sekundärstruktur: Schleife, z. B. durch Wasserstoff-Brückenbindungen stabilisierte Schleife (3-, 4- oder 5-Schleife) |
ACT-SITE | Aminosäure(n), die bei der Aktivität eines Enzyms mitwirkt (mitwirken) |
SITE | irgendeine andere wichtige Stelle auf der Sequenz |
INIT-MET | die Sequenz beginnt bekanntermaßen mit einem Start-Methionin |
NON-TER | der Rest am Sequenzanfang oder -ende ist nicht der Terminalrest; steht er an der Position 1, so bedeutet das, dass diese nicht der N-Terminus des vollständigen Moleküls ist; steht er an letzter Position, so ist diese Position nicht der C-Terminus des vollständigen Moleküls; für diesen Schlüssel gibt es kein Beschreibungsfeld |
NON-CONS | nicht aufeinander folgende Reste; zeigt an, dass zwei Reste in einer Sequenz nicht aufeinander folgen, sondern dass zwischen ihnen einige nichtsequenzierte Reste liegen |
UNSURE | Unsicherheiten in der Sequenz; mit diesem Schlüssel werden Regionen einer Sequenz beschrieben, bei der sich der Autor bezüglich der Sequenzzuweisung nicht sicher ist |
Beispiel: | |
<110> | Smith, John; Smithgene Inc. |
<120> | Beispiel für ein Sequenzprotokoll |
<130> | 01-00001 |
<140> | PCT/EP98/00001 |
<141> | 1998-12-31 |
<150> | US 08/999,999 |
<151> | 1997-10-15 |
<160> | 4 |
<170> | Patentin Version 2.0 |
<210> | 1 |
<211> | 389 |
<212> | DNA |
<213> | Paramecium sp. |
<220> | |
<221> | CDS |
<222> | (279) ... (389) |
<300> | |
<301> | Doe, Richard |
<302> | Isolation and Characterization of a Gene Encoding a Protease from Paramecium sp. |
<303> | Journal of Genes |
<304> | 1 |
<305> | 4 |
<306> | 1-7 |
<307> | 1988-06-31 |
<308> | 123456 |
<309> | 1988-06-31 |
<400> | 1 |
agctgtagtc attcctgtgt cctcttctct ctgggcttct caccctgcta atcagatctc | 60 | |||||||||||||||
agggagagtg tcttgaccct cctctgcctt tgcagcttca caggcaggca ggcaggcagc | 120 | |||||||||||||||
tgatgtggca attgctggca gtgccacagg cttttcagcc aggcttaggg tgggttccgc | 180 | |||||||||||||||
cgcggcgcgg cggcccctct cgcgctcctc tcgcgcctct ctctcgctct cctctcgctc | 240 | |||||||||||||||
ggacctgatt aggtgagcag gaggaggggg cagttagc atg gtt tca atg ttc agc | 296 | |||||||||||||||
Met | Val | Ser | Met | Phe | Ser | |||||||||||
1 | 5 | |||||||||||||||
ttg | tct | ttc | aaa | tgg | cct | gga | ttt | tgt | ttg | ttt | gtt | tgt | ttg | ttc | caa | 344 |
Leu | Ser | Phe | Lys | Trp | Pro | Gly | Phe | Cys | Leu | Phe | Val | Cys | Leu | Phe | Gln | |
10 | 15 | 20 | ||||||||||||||
tgt | ccc | aaa | gtc | ctc | ccc | tgt | cac | tca | tca | ctg | cag | ccg | aat | ctt | 389 | |
Cys | Pro | Lys | Val | Leu | Pro | Cys | His | Ser | Ser | Leu | Gln | Pro | Asn | Leu | ||
25 | 30 | 35 |
Oberer Rand: | 2,5 cm |
linker Seitenrand: | 2,5 cm |
rechter Seitenrand: | 1,5 cm |
unterer Rand: | 1 cm. |
Grafikformat | Kompression | Farbtiefe | Beschreibung |
TIFF | keine oder LZW oder FAX Group 4 | 1 bit/p oder (Schwarzweiß) | Maximale Größe 21 x 29,7 Zentimeter (DIN A4) und eine Auflösung von 300*300 dpi entsprechend einer Pixelzahl (B*L) von 2480*3508 Pixel |
TIFF | keine oder LZW oder FAX Group 4 | 8 bit/p (256 Graustufen) | Maximale Größe 21 x 29,7 Zentimeter (DIN A4) und eine Auflösung von 150*150 dpi entsprechend einer Pixelzahl (B*L) von 1240*1754 |
JPEG | individuell | 24 bit/p | Maximale Größe 21 x 29,7 Zentimeter (DIN A4) und eine Auflösung von 150*150 dpi Nur Grauschattierungen werden akzeptiert. |
keine | Nur Schwarzweiß zulässig | Folgende Schriften (Fonts) sind erlaubt: | |
- | Times (Serifen-Schrift, proportional) | ||
- | Helvetica (ohne Serifen, proportional) | ||
- | Courier | ||
- | Symbol (Symbole) | ||
Farbige Grafiken sind unzulässig. Eine Verwendung von bei PDF-Dateien möglichen Nutzungseinschränkungen auf Dateiebene durch kryptographische Mittel (Verschlüsselung, Deaktivierung der Druckmöglichkeit) ist nicht zulässig. |